Praegusel ajal ühendab Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu Kirik 37 kogudust. MPEÕK juurde kuulub ka Neeva Aleksandri stavropigiaalne kogudus.
MPEÕK vaimulikkond koosneb 77 vaimulikust: metropoliit, piiskop ja abipiiskop, 57 preestrit ja 17 diakonit.
Ametlik trükiorgan: kord kuus ilmuv ajaleht “Mir Pravoslavia” (“Õigeusu maailm”).
Interneti ametlik kodulehekülg: www.orthodox.ee.
MPEÕK Sinodi juures tegutsevad järgmised komisjonid: Religiooni- ja usuõpetuse komisjon, Ajakirjandusega koostöö komisjon.
Vastavalt põhikirjale teostab Kiriku jutimist valitsev Ülemhingekarjane koos Sinodiga, mille valib MPEÕK Kirikukogu. Hetkel tegutseb Sinod järgmises koosseisus:
- Tallinna ja kogu Eesti metropoliit KORNELIUS (esimees)
- Narva ja Peipsiveere piiskop LAATSARUS
- Maardu piiskop SERGIUS
- Ülempreester Oleg VRONA (Tallinna püha piiskop Nikolaose kiriku eesseisja, Vene tn.)
- Ülempreester Nikolai GOLOVASTIKOV (Pärnu suurmärter Katariina kiriku eesseisja)
- Ülempreester Vitali GAVRILOV (Narva Jumalaema ikooni kiriku eesseisja)
- Ülempreester Daniel LEPISK (Haapsalu Maarja Magdaleena /Neeva Aleksandri kiriku eesseisja)
- Sergi MÄNNIK
- Oleg BURDEINÕI
Sinodi asjaajajamist korraldab Rostislav RUMJANTSEV, Sinodi sekretär.