В настоящее время Эстонская Православная Церковь Московского Патриархата (ЭПЦ МП) состоит из Таллинской и Нарвской епархий и объединяет 31 приход (29 действующих и один приписной). Ассоциированным ЭПЦ МП является Александро-Невский ставропигиальный приход.
Численность духовенства составляет 60 человек: Митрополит, 2 епископа, 45 священников и 13 диаконов.
Официальный печатный орган: ежемесячная газета "Мир Православия". Официальная страница в сети Интернет: http://www.orthodox.ee
При епархиях действуют отделы: религиозного образования и катехизации, взаимодействия со средствами массовой информации, молодёжные.
Церковное управление осуществляется, согласно Уставу, правящим Архиереем при содействии Синода, избираемого Собором ЭПЦ МП. В настоящее время Синод действует в следующем составе:
- Митрополит Таллинский и всея Эстонии КОРНИЛИЙ (председатель)
- Епископ Нарвский и Причудский Лазарь
- Протоиерей Олег Врона (настоятель храма свт. Николая, г. Таллин, ул. Вене)
- Иеромонах Иона (Головастиков) (настоятель храма вмц. Екатерины, г. Пярну
- Протоиерей Виталий Гаврилов (настоятель храма Нарвской иконы Божией Матери, г. Нарва)
- Протоиерей Даниил Леписк (настоятель храма св. кн. Александра Невского, г. Хаапсалу)
- Сергей Мянник
- Олег Бурдейный