Главой (Предстоятелем) Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата является митрополит Таллинский и всея Эстонии Евгений.
Предстоятель ЭПЦ МП избирается Собором ЭПЦ МП, вступает в должность после утверждения избрания Патриархом Московским и всея Руси и назначения на должность Священным Синодом РПЦ. Срок его полномочий не ограничен.
30 мая 2011 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было заслушано прошение митрополита Таллинского и всея Эстонии Корнилия и Синода Эстонской Православной Церкви об образовании Нарвской епархии в составе Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата (журнал № 40).
Священный Синод постановил образовать в составе Эстонской Православной Церкви Нарвскую епархию в административных границах города Нарва, Нарва-Йыесуу, волостей Вайвара, Иллука, Алайыэ, Ийзаку, Тудулинна, Лохусуу (уезд Ида-Вирумаа), волостей Торма, Касепяя, Пала (уезд Йыгевамаа), волости Алатскиви (уезд Тартумаа). Преосвященным Нарвским определено иметь титул «Нарвский и Причудский».
Викарием Таллинской епархии является епископ Маардуский Сергий.
Иные административные территории Республики Эстония отнесены к Таллинской епархии, управляемой митрополитом Таллинским и всея Эстонии.