В период между сессиями Собора Предстоятель ЭПЦ МП управляет ЭПЦ МП при содействии Синода ЭПЦ МП — правления ЭПЦ МП, состоящего из Предстоятеля ЭПЦ МП, викарного (если есть) и епархиальных Архиереев и по одному представителю из священников от каждой Епархии, назначенных епархиальным Архиереем, а также двух клириков и двух мирян, избираемых Собором на 3 года. Выбывающие в период между сессиями Собора члены Синода заменяются Предстоятелем ЭПЦ МП замещающими членами Синода, которыми являются кандидаты, набравшие наибольшее количество голосов при проведении последних выборов на Соборе (священники вместо священников, миряне вместо мирян).
В период между сессиями Собора Предстоятель ЭПЦ МП управляет ЭПЦ МП при содействии Синода ЭПЦ МП – правления ЭПЦ МП, состоящего из Предстоятеля ЭПЦ МП, викарного Архиерея (если есть), а также четырех клириков и двух мирян, избираемых Собором на 3 года.
Предстоятель ЭПЦ МП является Председателем Синода и созывает Синод по мере необходимости.
В настоящее время членами Синода являются:
- Митрополит Таллинский и всея Эстонии Евгений – председатель;
- Епископ Нарвский и Причудский Лазарь;
- Епископ Маардуский Сергий, викарий Таллинской епархии;
- Протоиерей Олег Врона;
- Иеромонах Иона (Головастиков);
- Протоиерей Виталий Гаврилов;
- Протоиерей Даниил Леписк;
- Сергей Мянник;
- Олег Бурдейный;
| Заявление Синода Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата в связи с вмешательством Святейшего Патриарха Константинопольского Варфоломея во внутренние дела Украинской Православной Церкви | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 5 мая 2018 г. | |
Заседание Синода ЭПЦ МП от 19 апреля 2018 г. | |
Заседание Синода ЭПЦ МП от 14 марта 2018 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 21 августа 2012 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 1 июня 2012 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 27 декабря 2011 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 1 ноября 2011 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 22 августа 2011 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 5 мая 2011 г. | |
| Заседание Синода ЭПЦ МП от 29 марта 2011 г. |