Основателем Псково-Печерского монастыря является преподобный Иона (до пострига в монахи – Иоанн). В древней повести летописец пишет: «Священник некий, именем Иоанн, от Московской страны, по прозванию Шестник (т.е. шествующий с одного места на другое), сей Иоанн бе священствуя во граде Юрьеве Ливонском (впоследствии Дерпт, ныне Тарту в Эстонии) со Исидором пресвитером во храме св. Николая Чудотворца и великомученика Георгия».
Священник Иоанн был послан из Москвы на служение в Юрьев как миссионер. В 1467 году он приехал в этот город с семьей: женой и двумя сыновьями. В Юрьеве он сразу столкнулся с ненавистью и гонениями – немецкие католики стали притеснять православных и склонять их к принятию католической веры. Вместе с пресвитером Исидором отец Иоанн защищал свою паству от влияния католиков. В 1470 г., прожив здесь два года и шесть месяцев, о. Иоанн был вынужден оставить Юрьев из-за преследований немцев-католиков и вместе с семьею перебраться под защиту Пскова.
В Пскове о. Иоанн служил священником в соборе Живоначальной Троицы. Вскоре пришла весть из Дерпта о мученической кончине пресвитера Исидора и его прихожан. Отец Иоанн очень скорбел о том, что он не сподобился пострадать за Апостольскую Православную Церковь и решил обречь себя «на страдания пустынной жизни». Когда Иоанн, как говорит предание, «на торгу в воскресный день услышал о старце и пещере при потоке Каменце», то сразу решил поехать туда, чтобы там, на самом рубеже с Ливонией, основать монастырь как оплот Православия.
Отец Иоанн, оставив семью у владельца здешней земли Иоанна Дементьева, «пришед на сие место, начаша копати вместе с матушкой Марией в горе церковь Богом зданною пещерою к западу», ибо твердо решил окончить здесь дни свои в непрестанном служении Богу.
Вскоре от суровой жизни и тяжелых трудов заболела его жена Мария и, приняв монашеский постриг с именем Васса, скончалась. После смерти супруги о. Иоанн постригается и «наречется бысть Иона» и продолжает копать в горе небольшую пещерную церковь.
Летом 1473 года о. Иона заканчивает работу – «Во время же благочестивого князя Ивана Васильевича иеромонах Иона ископа малую пещерную церковь в горе и постави келии на столбах, прямо церкви Печерныя».
Завершив работу, отец Иона направляется в Псков к священникам Псковского Троицкого Собора с просьбой освятить пещерный храм, но они отказывают ему, так как «церковь в горе эта необычная и необыкновенная по своему устройству».
Псковские священники посылают о. Иону за благословением к новгородскому архиепископу Феофилу, в ведении которого находилась вся церковная жизнь древнего Пскова. Выслушав о. Иону, архиепископ Феофил дал свое благословение, и псковские священники в день Успения Божией Матери, 15-го августа 1473 года, освятили пещерный храм в честь Успения Пресвятой Богородицы.
День освящения данного пещерного храма считается официальной датой основания Псково-Печерского монастыря.
В 1471 году в этом святом месте была явлена икона Успения Пресвятой Богородицы. Во время освящения церкви эта икона явила чудо: прозрела слепая женщина. Это исцеление воодушевило о. Иону и владельца здешней земли Ивана Дементьева, который «даде своего имения удел земли ко храму Пречистыя Богородицы и на монастырское ограждение по ручей Каменец, с восточныя и южныя стороны на целое поприще (версты)». Мало-помалу начали сюда стекаться на жительство иноки, и обитель, скрывавшаяся прежде в глубине земли, с того времени стала процветать. Летописец повествует: «по сем, священноинок Иона, пожив несколько времени в молитвах и трудах, преставился Богу (между 1474 и 1480 гг.) и погребен бысть в той же пещере».
После смерти на нем нашли кованую кольчугу, которую он носил на себе вместо более легкой власяницы. Гроб преподобного Ионы был поставлен в Богом зданной пещере. В марте 1642 г. мощи преподобного Ионы были переложены в новый гроб, который поместили рядом с мощами преподобного старца Марка и преподобной Вассы.
Подвиги, неустанные труды и ревность к Богу, устроение монастыря и ископание Успенского храма явились основанием того, что Святая Православная Церковь причислила Иону к лику святых угодников Божиих.
Тропарь преподобным Марку, Ионе и Корнилию Псково-Печерским, глас 8
Яко светильницы, явистеся всесветлии / в вертепе Царицы Богоматери, / преподобнии отцы наши Марко, Ионо и Корнилие, / вы бо, крест Христов на рамо вземше, / усердно тому последовасте / и, чистотою Богови приближившеся, / отонудуже силами чудес обогатистеся, / тем и мы любезно прибегаем к вам и умильно глаголем: / о преподобнии, молите Христа Бога / спастися душам нашим.