Священномученик Исидор служил священником Никольского храма в городе Юрьеве (впоследствии Дерпт, ныне Тарту в Эстонии). По договору, заключенному в 1463 году между Московским великим князем Иоанном III и великим магистром Ливонского ордена, ливонские рыцари обязывались оказывать всяческое покровительство православным верующим в Дерпте. Однако, нарушив договор, немецкие католики стали притеснять верующих и склонять их к принятию католичества. Много приходилось переносить православным жителям от немцев-латинян, желавших привлечь их к своей вере. Там, где не имела успеха лесть, пускались в ход угрозы, принуждения и даже побои.
Священник Исидор в своих словах мужественно встал на защиту Православия, призывая паству хранить каноническую верность Московскому митрополиту. Городской старейшина немцев Юрий по прозвищу Трясиголова (Фелингузен) пожаловался Дерптскому католическому епископу на то, что якобы слышал хулу священника Исидора на веру католическую.
В праздник Крещения Господня, 6 января 1472 года, священник Исидор совершал великое водоосвящение на реке Омовже (ныне Эмайыги). Он увещевал паству достойно блюсти отеческую веру, быть готовыми умереть за нее.
Посланные разгневанным епископом стражники арестовали Исидора и его прихожан, заключив их в городской ратуше. На суде у епископа их жестоко пытали и принуждали отречься от православия. Священномученик Исидор и его паства отказались подчиниться насильникам, и были брошены в темницу, где священномученик проповедью и молитвами укреплял дух своих прихожан. Готовясь к кончине, он приобщил себя и бывших с ним исповедников запасными Святыми Дарами.
Утром следующего дня, 8 января (по старому стилю), они снова предстали перед судом в городской ратуше Дерпта. Католический епископ вновь пытался склонить их к принятию католичества, но православные ответили: "Не можешь ты отклонить нас от истинной веры христианской; твори с нами, что хочешь; вот мы пред тобой и повторяем тебе то же что и прежде". Потом судьи стали спрашивать каждого русского, не хочет ли он перейти в католическую веру, и все отвечали "нет". Тогда Дерптский епископ, распалившись яростью, велел бросить всех в реку Омовжу, а святого Исидора, облекши в иерейские (священнические) одежды, бросить в саму Иордань, где он освящал воду в день Богоявления. Так поступили со всеми 72 прихожанами, среди которых были женщины и малолетние дети. Рыцарь, стоявший возле проруби, взял из рук матери ее ребенка. Когда ребенок увидел, как его мать скрылась в проруби вслед за всеми православными, он начал кричать, рваться из рук рыцаря и колотить его по лицу. Едва рыцарь выпустил мальчика, как он побежал к проруби и бросился в нее вслед за матерью. Мальчик стал 73-м православным, погибшим в этот день.
Весной, после вскрытия реки, нетленные тела святых мучеников и среди них тело священномученика Исидора в полном облачении были найдены проезжавшими русскими купцами на берегу в трех верстах от Дерпта.
Православные верующие Дерпта с честью погребли святых мучеников при Никольском храме Дерпта. Данное событие было подробно описано иноком Псково-Печерского монастыря Варлаамом.
Тропарь Исидору, пресвитеру, и иже с ним 72-м в Юрьеве Лифляндском пострадавшим, глас 2
Страстотерпцы Господни блаженнии, / Православную веру Христову со дерзновением проповедасте / и на судищи учения врагов неправая обличисте, / того ради и ввержени бысте, святии, / во глубину речную, / души же ваша вселишася в Небесныя кровы, / идеже со святыми предстояще Престолу Царя всех Бога, / молитеся Ему за вся православныя люди, / подвиги ваша честно почитающия.